Khi công ty phần mềm tại Việt Nam chỉ làm cho bên liên kết ở nước ngoài, cách định giá phải trả lời được câu hỏi cơ quan thuế quan tâm: nếu là hai bên độc lập, công ty Việt Nam có nhận được mức lợi nhuận như vậy không. Định giá theo đơn giá giờ công dễ hiểu và gần với cách bán cho khách ngoài; định giá theo chi phí cộng một tỷ lệ lãi thì ổn định và dễ chứng minh khi công ty gần như không chịu rủi ro thị trường. Không cách nào tự động đúng — điều quan trọng là cách chọn phải khớp với chức năng, rủi ro thật của công ty Việt Nam và có chứng cứ so sánh.
Giao dịch liên kết được quản lý theo nghị định riêng; từ 1/7/2026 văn bản hướng dẫn mới là Nghị định 255/2026/NĐ-CP về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết. Bài này không kể nội dung điều khoản của văn bản đó, mà nói về cách tổ chức định giá và hồ sơ ở mức doanh nghiệp tự làm được; chi tiết về nghĩa vụ kê khai, miễn lập hồ sơ và phương pháp cụ thể cần tra văn bản đang hiệu lực.
Mô hình gia công phần mềm cho bên liên kết trông như thế nào
- Khách hàng duy nhất (hoặc gần như duy nhất) là công ty mẹ, công ty chị em ở nước ngoài.
- Công ty Việt Nam không tự bán sản phẩm, không tìm khách, không chịu rủi ro dự án bị huỷ; bên nước ngoài giao việc, nghiệm thu, sở hữu sản phẩm.
- Chi phí chủ yếu là lương kỹ sư, thuê văn phòng, thiết bị.
- Doanh thu tính theo một công thức thoả thuận nội bộ, thường là giờ công hoặc chi phí cộng lãi.
Với mô hình này, công ty Việt Nam thường được xem là bên cung cấp dịch vụ có chức năng và rủi ro hạn chế. Kết quả hợp lý thường là một mức lợi nhuận ổn định qua các năm, không lỗ triền miên và không lãi bất thường. Mô tả này phải dựa trên thực tế vận hành, vì hồ sơ viết một đằng mà email, quyết định dự án cho thấy một nẻo thì hồ sơ mất giá trị.
Cách thứ nhất: đơn giá theo giờ công
Bên nước ngoài trả theo số giờ làm việc thực tế nhân với đơn giá cho từng bậc kỹ sư.
- Ưu điểm: giống cách bán cho khách độc lập; nếu công ty cũng có khách ngoài trả theo giờ thì có ngay dữ liệu so sánh nội bộ.
- Nhược điểm: đơn giá cố định trong khi lương tăng, tỷ giá đổi; năm nào số giờ thấp (nghỉ dự án, đào tạo) thì công ty Việt Nam có thể lỗ — một kết quả khó giải thích với mô hình rủi ro hạn chế.
- Cần có: hệ thống chấm giờ công, bảng đơn giá có căn cứ, xem lại đơn giá định kỳ.
Cách thứ hai: chi phí cộng một tỷ lệ lãi
Bên nước ngoài trả toàn bộ chi phí hoạt động hợp lý của công ty Việt Nam cộng thêm một tỷ lệ lãi trên chi phí.
- Ưu điểm: công ty Việt Nam luôn có lãi ổn định, khớp với chức năng rủi ro hạn chế; dễ đối chiếu với các công ty độc lập làm dịch vụ tương tự.
- Nhược điểm: phải xác định rõ chi phí nào được cộng lãi (chi phí chuyển tiếp như thiết bị mua hộ có thể không cộng); tỷ lệ lãi phải có căn cứ so sánh, không tự đặt.
- Cần có: chính sách xác định cơ sở chi phí, dữ liệu so sánh từ các công ty độc lập, điều chỉnh cuối năm nếu cần.
So sánh qua ví dụ giả định
Một công ty phần mềm có 60 kỹ sư, tổng chi phí năm dự kiến 36 tỷ đồng, làm toàn bộ cho công ty mẹ ở nước ngoài.
| Tình huống năm | Theo giờ công (đơn giá cố định) | Chi phí cộng 8% (tỷ lệ giả định) |
|---|---|---|
| Năm bình thường, đủ giờ | Doanh thu khoảng 39 tỷ, lãi khoảng 3 tỷ | Doanh thu 38,88 tỷ, lãi 2,88 tỷ |
| Năm dự án giảm, số giờ tính tiền giảm 15% | Doanh thu khoảng 33 tỷ, lỗ khoảng 3 tỷ | Doanh thu vẫn theo chi phí, lãi vẫn khoảng 8% chi phí |
| Năm lương tăng mạnh, đơn giá chưa điều chỉnh | Lãi giảm hoặc lỗ | Lãi giữ tỷ lệ, doanh thu tăng theo chi phí |
Nhìn bảng, cách theo giờ công khiến công ty Việt Nam gánh rủi ro số giờ và rủi ro chi phí — những rủi ro mà theo mô hình kinh doanh thì bên nước ngoài đang nắm quyền quyết định. Năm lỗ trong khi chỉ có một khách hàng liên kết là điều dễ bị hỏi. Cách chi phí cộng lãi ổn định hơn, nhưng tỷ lệ 8% trong ví dụ chỉ là giả định: tỷ lệ thật phải dựa trên dữ liệu so sánh và phương pháp theo quy định hiện hành.
Nhiều công ty chọn cách lai: thu theo giờ công trong năm để tiện vận hành, cuối năm đối chiếu với mức chi phí cộng lãi mục tiêu và lập điều chỉnh. Cách này cần được thoả thuận trong hợp đồng nội bộ từ đầu năm, kèm chứng từ và hoá đơn điều chỉnh đúng quy định.
Hồ sơ và kê khai cần chuẩn bị
- Hợp đồng dịch vụ nội bộ ghi rõ phạm vi, cách tính giá, cơ chế điều chỉnh cuối năm, quyền sở hữu sản phẩm.
- Phân tích chức năng, tài sản, rủi ro: ai quyết định dự án, ai chịu rủi ro huỷ dự án, ai sở hữu mã nguồn.
- Dữ liệu so sánh với các công ty độc lập cung cấp dịch vụ tương tự.
- Kê khai thông tin giao dịch liên kết cùng hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định hiện hành.
- Hồ sơ xác định giá nếu doanh nghiệp thuộc diện phải lập; điều kiện miễn và nội dung tra trong nghị định đang hiệu lực.
Hạn quyết toán thuế năm của tổ chức theo Luật Quản lý thuế là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 sau năm tài chính; phần kê khai giao dịch liên kết đi cùng hồ sơ quyết toán nên được chuẩn bị từ quý cuối năm, không để dồn vào tháng cuối.
Những cái sai hay gặp
- Để đơn giá giờ công cũ nhiều năm trong khi lương tăng, dẫn tới lỗ liên tục.
- Cộng lãi trên cả chi phí chuyển tiếp như thiết bị mua hộ bên nước ngoài, làm doanh thu phình không có căn cứ.
- Điều chỉnh cuối năm không có hợp đồng từ đầu, chỉ lập một hoá đơn bù chênh lệch mà không giải thích được cơ sở.
- Công ty Việt Nam thực tế tự tìm khách, tự chịu rủi ro nhưng hồ sơ vẫn mô tả là rủi ro hạn chế. Hồ sơ phải mô tả đúng thực tế, không mô tả theo mẫu.
Tự kiểm tra ở đâu
- Nghị định 255/2026/NĐ-CP và văn bản hướng dẫn liên quan: tra bản đang hiệu lực về bên liên kết, kê khai, hồ sơ xác định giá.
- Tài khoản thuế điện tử của doanh nghiệp: hồ sơ quyết toán và phụ lục giao dịch liên kết đã nộp các năm trước, để so tính nhất quán.
- Cơ quan thuế quản lý: hỏi khi chưa chắc về diện phải lập hồ sơ xác định giá.
Nếu công ty ngoài bên liên kết còn thuê nhiều nhà cung cấp trong nước (văn phòng, thiết bị, nhân sự thuê ngoài), có thể lọc trạng thái cả danh sách mỗi quý bằng công cụ kiểm tra hàng loạt tại checkthue.com/kiem-tra-hang-loat, để chi phí làm cơ sở cộng lãi không lẫn hoá đơn của người bán có vấn đề.
Câu hỏi thường gặp
Công ty mẹ là bên liên kết thì có bắt buộc dùng chi phí cộng lãi không?
Không có cách nào bắt buộc chung cho mọi trường hợp. Phương pháp phải phù hợp với chức năng, rủi ro và dữ liệu so sánh có được; chi phí cộng lãi hay được dùng cho dịch vụ rủi ro hạn chế nhưng cần được lập luận trong hồ sơ.
Tỷ lệ lãi bao nhiêu là hợp lý?
Không có con số cố định. Tỷ lệ được xác định dựa trên dữ liệu các công ty độc lập làm dịch vụ tương tự theo phương pháp trong văn bản hiện hành. Tự đặt một con số “cho an toàn” mà không có dữ liệu thì không đủ căn cứ.
Năm đầu mới thành lập, công ty lỗ có sao không?
Năm đầu có chi phí thành lập, tuyển dụng nên có thể khác. Nhưng với mô hình chỉ phục vụ bên liên kết, nên giải thích rõ trong hồ sơ vì sao lỗ và từ năm nào kết quả trở về mức ổn định.
Doanh thu từ bên liên kết nước ngoài có hoá đơn không?
Dịch vụ cung cấp cho khách nước ngoài vẫn lập hoá đơn theo quy định về hoá đơn điện tử. Thuế giá trị gia tăng áp dụng tuỳ việc dịch vụ có đáp ứng điều kiện xuất khẩu dịch vụ hay không; kế toán cần tra quy định hiện hành.
Có thể đổi từ giờ công sang chi phí cộng lãi giữa chừng không?
Có thể, bằng phụ lục hợp đồng nội bộ ký trước kỳ áp dụng, kèm giải thích lý do thay đổi. Đổi phương pháp liên tục hoặc đổi sau khi đã biết kết quả năm là điều dễ bị hỏi.
Bên nước ngoài trả chậm nhiều tháng có ảnh hưởng gì không?
Công nợ phải thu lớn và kéo dài với bên liên kết là điểm dễ bị hỏi, vì bên độc lập thường không để khách nợ lâu mà không tính lãi. Nên có điều khoản thời hạn thanh toán rõ trong hợp đồng nội bộ và theo dõi tuổi nợ như với khách ngoài.
Công ty phần mềm nhỏ, vài kỹ sư, có cần làm những việc này không?
Quy mô nhỏ có thể thuộc diện được miễn một số hồ sơ, nhưng việc kê khai thông tin giao dịch liên kết và giữ chứng cứ giá vẫn cần. Tra điều kiện cụ thể trong nghị định đang hiệu lực trước khi quyết định không làm.
